在矩阵中生活的年轻的网络黑客尼奥发现，看似正常的现实世界实际上被某种力量控制着，尼奥便在网络上调查此事。
而在现实中生活的人类反抗组织的船长墨菲斯，也一直在矩阵中寻找传说的救世主，就这样在人类反抗组织成员崔妮蒂指引下，两人见面了。
尼奥也在墨菲斯的指引下，回到了真正的现实中，逃离了矩阵，这才了解到，原来他一直活在虚拟世界当中。
尼奥为了探寻自己的使命和背后的真相，他要为自己的行动寻找一个可以接受的理由。
在打败史密斯、救出墨菲斯之后，尼奥随同亲密爱人崔妮蒂和其他战友一起，乘坐ebuhanezzar号飞船返回地球上最后一个人类据点锡安基地。
在那里，他们和其他自由战士们聚集到了一起。就在这时，母体系统决定“先下手为强”，派遣了为数250000的电子乌贼大军，开始进攻锡安基地。