虽然东观汉记逐渐散佚失传，但直至唐宋时期，东观汉记仍然流传不绝，人们记述东汉史事仍然经常引用其字，因此，在传世文献中，还是保存了东观汉记的许多片段。
不过，清代之前，长期无人进行辑集，直至康熙年间，钱塘姚之骃编成后汉书补逸，辑集了有关东汉的八种史书，其中第一种即为东观汉记八卷。终于开始了东观汉记的招魂之旅。但姚之骃所据之书只限于续汉书十志刘昭注、后汉书李贤注、北堂书钞、艺文类聚、初学记五书，遗漏很多。
乾隆时修四库全书，馆臣以姚辑本为基础，参以永乐大典诸韵所载，又旁考其他各书，补其阙失，所增达十分之六，厘订为二十四卷，其中包括帝纪三卷、年表一卷、志一卷、列传十七卷、载记一卷、佚文一卷，刊入武英殿聚珍丛书。该辑本比姚辑本完备，但仍有一些脱漏，如稽瑞、开元占经、事类赋、记纂渊海等书所引的某些条目没有采入。由于辑者使用的北堂书钞是陈禹谟的窜改本，所以被陈禹谟删去的东观汉记条目，该辑本也没有收录。
由于四库全书馆辑本的以上缺陷，因此，到了现代，依然有对东观汉记辑本进行进一步完善的必要。一九二八年，由吴树平先生与中华书局的赵明先生开始了对东观汉记重新辑录的工作。
由吴树平先生确定需要翻检的古籍，赵明先生负责检索和辑录。此后，检索辑录遗文的工作又由吴树平先生中国社会科学院历史研究所的唐中瑜先生分担。
辑遗完成后的东观汉记校注第一版由中州古籍出版社于1987年出版，中华书局2009年再版。
重新集结阶段
东观汉记校注对东观汉记进行了重新的辑录，凡姚之骃和四库全书馆馆臣所采用过的各种书籍又都全部做了检查;前书所谓采用的书籍，如风俗通义世说新语隋书史略证类本草太平寰宇记事类赋事物纪原书叙指南海录碎事锦绣万花谷事文类聚记纂渊海古今合璧事类备要玉海翰苑新书急就篇补注鸣沙石室古籍丛残一切经音义华严经音义等，也都进行了检索。同时，吴树平先生在对东观汉记进行辑遗和校注的过程中，对前人辑遗过程中采用底本版本的问题也进行了特别的注意。例如姚之骃和四库全书馆馆臣所参考的北堂书钞所用的是陈禹谟刻本，又参用唐类函中所录北堂书钞的部分，此本增删篡改比比皆是，因此也导致了东观汉记的辑本出现了诸多错误。吴树平先生辑校东观汉记采用的是孔广陶校注本北堂书钞，又参用了明抄本和活字本，取得了不少新的成果。其他各书也皆类此，尽量选用善本进行辑录。
全书共二十二卷，体例遵从了从史通、范晔后汉书李贤注、司马彪续汉书八志刘昭注、北堂书钞等书所载的体例，分为纪、表、志、传几个部分，分为纪三卷、表一卷、志一卷、传十五卷、载记一卷、散句一卷。
全书纪传的排列多参考了范晔后汉书，基本上按时间顺序排列，但遇到同属一族或者同类型、有关联的人物，则打破时间的界限，前后归在一处。少数人物时代不明，一律记载在传的最后一篇。志的排列主要参考了后汉书蔡邕传李贤所注的东观汉记诸志的次序，同时也参考了续汉书八志的次序。纪传字的次序，参考后汉书，按照时间发生的先后，逐条进行排列，个别条目文字简略，无法确定事件发生的具体时间，则一律缀于篇末。
东观汉记校注中各篇正文所蔡邕的文字，文末皆注明出处，未被采用的各条文字，一律作为校勘的资助，在校注中做出说明。
重新辑集之意义
有范版后汉书不就够了么？存在即合理呀！不存在说明被淘汰了，说明无存在之必要了，为毛还要重新吹响集结号？这不是翻来覆去的折腾吗？这不是人力物力的浪费吗？这些疑问相信存在于每位读者心中。好吧，存在即合理。小作勉为其难解答一下。
作为编撰时间最早的东汉史料，东观汉记有着其他资料难以企及的优势，也是其他各家东汉史作最重要的底本。东观汉记的逐渐散佚，对东汉历史的研究是一个巨大的损失。因之姚之骃、四库全书馆馆臣以及吴树平先生对东观汉记的辑遗、恢复工作，意义十分重大。就芥末简单。还有。
东观汉记与后汉书后汉纪八家后汉书资治通鉴一起，作为记载东汉历史最基本、最全面的史料，在东汉历史的研究中具有极其重要的作用。
总之，很重要、很必要。所以，东观汉记校注作为一个不完整的东观汉记，就千疮百孔，遗憾众多了。
遗憾多，兹列如下：
首先，东观汉记作为一个辑遗本，脱漏处很多，且内容很不连贯，在研读过程中会遇到很多困难。读者必须在读过后汉书，理清人物事件线索的基础上，方能对东观汉记加以使用。
其次，东观汉记校注在辑遗过程中，一些材料在多处都有记载，在选择时不可避免的会和原文产生一定的误差。吴树平先生在叙例中也说道“一条文字往往有几处引征，详略不一，文字正误情况也不尽相同，凡遇到这种情况，则取其详者。如果详略相同，则取其文字无错讹或错讹较少者。如果几处引征的文字有有一些不足之处，笔者则把几条文字汇为一条“，这样终究是离原文有了一定的距离。虽然这样的情况不多，但总会造成一些史料的损失。
第三，中国古代学者在引用书籍章句的时候往往只取其义，不在意文字的一致，因此东观汉记辑本中的文字大多与原文不同，很多时候甚至影响到文意的理解，所以在使用材料的时候还要与后汉书、后汉纪等其他史料相互印证方能保证文字的准确性。
因此，在使用东观汉记时必须与其他史料相互印证，在充分掌握后汉书、后汉纪等保存较为完备的史料的基础上，东观汉记是东汉历史研究的重要补充，能够用以补充后汉书、后汉纪等史料中的很多不足，纠正很多错误。
东观汉记校注作为东观汉记到目前为止最完善的辑本，将各处零散的资料汇集到一起，为我们展现了东观汉记的很多珍贵的史料，也为东汉历史的研究带来了很多的方便，是东汉时研究必备的资料。
但是
但是相信大家跟我有一样的想法最好是通过考古发掘找到东观汉记的原本，这样就啥遗憾也木有了。
最后，让我们再看一眼集结了众多大腕心血的东观汉记，这部度过了自己辉煌的青春岁月后，一路走低，终至消亡，又因考古查证的需要被重新发现价值，于是如哪吒一般“莲体再生”的古书，是否让我们颇多感慨？有人说，书犹药也，善读可以医愚。我们是否也可以这样说：书犹人也，命运一般坎坷。